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关于基因组组装的问题,请问我如何去寻找被打散了的基因序列呢~
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关于基因组组装的问题,请问我如何去寻找被打散了的基因序列呢~
▼优质解答
答案和解析
你是说使用类似鸟枪法测序时候如何讲所有的序列拼接起来是吧?
是这样的,在一次测序中,一般会打碎很多很多很多的细胞基因组,因为是随机打碎成100-200bp的小片段,那么来自不同基因组的小片段之间是会有重复序列的,在人类基因组工程里的标准是有50bp的碱基对匹配就将两个片段拼接在一起,然后再去找他们两端的序列,50bp匹配,就拼接.一点一点像拼图一样拼起来.通常在同一个位置上至少需要20个片段覆盖才算是确认无误.然后还需要一些之前知道的知识,比如哪个基因在哪个染色体上,拼出带有这个已知基因的片段就是该染色体的片段~
具体的原理如果有兴趣欢迎追问~希望对你有所帮助~
是这样的,在一次测序中,一般会打碎很多很多很多的细胞基因组,因为是随机打碎成100-200bp的小片段,那么来自不同基因组的小片段之间是会有重复序列的,在人类基因组工程里的标准是有50bp的碱基对匹配就将两个片段拼接在一起,然后再去找他们两端的序列,50bp匹配,就拼接.一点一点像拼图一样拼起来.通常在同一个位置上至少需要20个片段覆盖才算是确认无误.然后还需要一些之前知道的知识,比如哪个基因在哪个染色体上,拼出带有这个已知基因的片段就是该染色体的片段~
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