二代测序BS甲基化测序转化率问题BS测序甲基化转化率怎么算出来的为什么要用叶绿体基因组比较Weusedtheunmethylatedchloroplastgenome[21]tocalculatethesumofnon-conversionrateandT-Csequencingerrorrate,w

Question

二代测序BS甲基化测序转化率问题
BS测序甲基化转化率怎么算出来的
为什么要用叶绿体基因组比较
We used the unmethylated chloroplast genome [21] to
calculate the sum of non-conversion rate and T-C sequencing error rate,which is as low as 0.47% to 1.17%
急等

Answer 1

所谓转化率是基于一种没有甲基化的小基因组做比较来算出的,一般用的噬菌体DNA.
转化的时候,非甲基化的C位点转化成（原来是U,PCR变成T）T,但是有些时候由于BS处理的实验条件不同,可能有一些位点没有转化.我们通过一个没有甲基化的基因组做比对,就可以得到大概的转化率了.