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已知蛋白质N端序列,要想扩增其全基因,怎样设计引物?
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已知蛋白质N端序列,要想扩增其全基因,怎样设计引物?
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答案和解析
首先请上NCBI BLAST搜索之(blastp).或许可以直接查到你研究物种的基因序列.即使没有,有近缘物种的基因序列也是个好的参考,通过比对,选择序列保守区设计引物.
若搜索不到任何信息,就需要通过设计兼并引物.比如你的蛋白质N端序列为
MTAGSR...
上游引物即为5'-ATG NNN NNN ...-3'(参考那个密码子表,和兼并碱基的标法,吾手头没有,记不住额)
下游引物就得反过来,假设蛋白序列为 N-XX-C 其编码DNA为 5'-GAN GAN-3'
则下引物为 5'-NTC NTC-3'
若搜索不到任何信息,就需要通过设计兼并引物.比如你的蛋白质N端序列为
MTAGSR...
上游引物即为5'-ATG NNN NNN ...-3'(参考那个密码子表,和兼并碱基的标法,吾手头没有,记不住额)
下游引物就得反过来,假设蛋白序列为 N-XX-C 其编码DNA为 5'-GAN GAN-3'
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