一个有关chip-seq的问题我想做测的2个chip-seq重复间的peak的相关性,用的是intersectBed-aa.bed-bb.bed-f0.05这样来找overlap的peak的个数,然后用intersectBed-aa.bed-bb.bed-f0.05-v来分别找sample1和sample2

Question

一个有关chip-seq的问题
我想做测的2个chip-seq重复间的peak的相关性,用的是intersectBed -a a.bed -b b.bed -f 0.05 这样来找overlap的peak的个数,然后用 intersectBed -a a.bed -b b.bed -f 0.05 -v 来分别找sample1和sample2各自独有的peak数.再画维恩图看它们各自重叠的和非重叠的有多少,

Answer 1

染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation,ChIP）也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究.将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段.
ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序.研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息.
1技术路线