RNA-seq比对到转录组要讲RNA-seq的数据比对到对应物种的转录组,请问如何选取参考转录本?

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RNA-seq比对到转录组
要讲RNA-seq的数据比对到对应物种的转录组,请问如何选取参考转录本?

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答案和解析

如果有注释较好的参考基因组的物种,可以直接将RNA-SEQ的数据比对到基因组上,也可以比对到从基因组注释出来的基因上,或者先比到基因组上再预测基因（也就是经典的tophat-cufflinks-cuffdiff流程）.
若没有注释较好的参考基因组,建议先用转录组序列从头组装（推荐trinity）,再把从头组装的序列作为参考转录本,将RNA-SEQ数据比对到从头组装的序列中.或者把从头组装的序列和对应物种的NCBI unigene的序列整合在一起,去冗余之后再作为参考转录本.

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